克罗恩病肛瘘治疗的目的是减轻局部症状,保护肛门功能。症状的有无是决定治疗的重要因素，症状不应强行治疗。治疗的程度取决于症状和体征的严重程度以及潜在的病理性质。
与一般的肛瘘相比,Crohn病致肛瘘的治疗较为团难,主要的问题是复发率较高、术后肛门自制功能受影响的机会较多。
根据国外的经验,部分Crohn病瘘药物治疗达到治愈的效果,这是Crohn病肛瘘相对于非Crohn病肛瘘十分重要的临床特点。
本病除了内科或必要的外科治疗外，需给予包括心理治疗在内的全身支持疗法。此外,还应注意补充营养,预防并发症的发生。
一、非手术治疗
(一)治疗目标
治疗目标为诱导缓解和维持缓解,防治并发症,改善生存质量。
(二)活动期的治疗
治疗方案的选择建立在对病情进行全面评估的基础上。开始治疗前要认真检查有无全身或局部感染,特别是使用全身作用激素、免疫抑制剂或生物制剂者。治疗程中要根据对治疗的反应及对药物的耐受情况随时调整治疗方案。决定治疗方案前应向患者详细解释方案的效益与风险，在与患者充分交流并取得合作之后实施。
1.一般治疗
(1)必须要求患者戒烟:继续吸烟会明显降低药物疗效、增加手术率及术后复发率。吸烟可加重克罗恩病(CCD)。
二、手术治疗
有症状的复杂性肛瘘最好采用长期引流的方法，无症状的肛瘘不需要治疗。多数克罗恩病肛瘘为括约肌间肛瘘或低位经括约肌肛瘘,这些瘘管可以参照腺源性肛瘘采用瘘管切开术。
但是，括约肌上方和括约肌外肛瘘通常来源于回肠或结肠克罗恩病穿孔,感染可以进入骶前间隙或穿破坐骨大切迹，在直肠周围、臀部、大腿、甚至到腘窝形成脓肿。病变肠段的切除有助于瘘管的愈合。对于复杂性克罗恩病肛瘘宜采用长期挂线引流(非切割挂线)。
就克罗恩病肛瘘而言，挂线引流可限制和减轻症状,保护括约肌的功能，是外科治疗前最行之有效的方法。有症状的低位肛瘘可行肛瘘切开术。复杂性肛瘘可行长期挂线引流，待CD进入缓解期,直肠黏膜大体正常时采用保留肛门括约肌的推移黏膜、皮肤瓣手术，可获满意疗效。亦可采用生物胶、肛门栓封堵等方法,但复发率较高。
近端转流造口对控制肛周炎性反应效果良好，但造口还纳后炎性反应和瘘管容易复发。对一些难治性病例，药物及外科联合治疗失败、病情进展以及无法控制的严重CD肛瘘可采用直肠切除术并行永久性造口。直肠切除术是治疗PCD的最后手段，有12%~20%的病人最终需行此手术。
克罗恩病肛瘘的治疗旨在保护肛门功能,无需强求根治,但是因长期肛瘘影响患者生活质量,Crohn病致肛瘘长期进展本身可引起肛门自制功能障碍，也可能导致癌变，故对Crohn病致肛瘘的治疗仍应持积极态度。主要有以下建议:
①无症状不需要治疗。
②活动性克罗恩病:全身治疗和外科引流或仅做挂浮线长期引流。
③静止的克罗恩病未侵犯至肛门直肠,浅表、括约肌间和低位经括约肌肛瘘:确切的瘘管切开术。
④高位经括约肌间肛瘘或复杂肛瘘:长期引流并考虑黏膜瓣推移或是纤维蛋白胶封闭。
⑤进行确切的括约肌修补术,特别是推移皮瓣时,可考虑暂时的结肠造瘘术。