肛瘘只能采取手术治愈。肛瘘手术方法多样，手术的关键是正确处理内口，主管及支管。在手术治疗的原则中，既要减少肛门括约肌的损失以保护肛门功能，同时又要彻底清除感染源以达到根治的目的。
我国开展的肛瘘手术方式按照肛瘘的低位高位、瘘管的单纯与复杂各有不同。常见的报道有肛瘘切开术、切开挂线术、切除缝合术、瘘管内移术等，复杂肛瘘则有主灶切开支管引流术、内口切开双侧结扎术、切开挂线对口引流术等多种方式。同时也有括约肌保留手术例如纤维蛋白胶封闭管道术、直肠推移皮瓣手术、肛痿栓手术、经括约肌间瘘管结扎术等。